С широкото приложение на флуорохинолони, бактериалната резистентност и нежеланите реакции също се появяват една след друга.Наскоро пуснатите на пазара флуорохинолони като темафлоксацин бяха прекратени само 15 седмици след пускането им в Обединеното кралство през 1992 г. поради нежелани реакции като алергия, кръвоизлив и бъбречна недостатъчност.Следователно не е така, че колкото по-висока е мастната разтворимост и колкото по-дълъг е полуживотът, толкова по-добре, а фармакокинетиката и клиничните предимства и недостатъци трябва да се разглеждат изчерпателно.